Một phần của liều tiêm vào được đào thải qua nước tiểu (khoảng 4,3-4,8% trong vòng 4 giờ sau khi tiêm): từ 30 đến 120 phút sau khi tiêm tĩnh mạch, người ta phát hiện thấy lượng thuốc được đào thải qua nước tiểu là nhiều nhất và giảm dần sau đó.
Phần còn lại của liều tiêm vào được phân phối rộng rãi đến các mô để gây tác động: trong 15 đến 30 phút ở các mô lành và nhanh hơn ở các mô ung bướu.
Nồng độ của thuốc trong máu giảm tương đối nhanh. Mitomycin được chuyển hóa ở gan.
Tuy nhiên, sau 24 giờ, người ta vẫn còn tìm thấy trong nước tiểu khoảng 10% liều tiêm vào.