Chỉ có khoảng 8% lượng thuốc hít vào đi tới và được hấp thu ở phổi. Phần còn lại được nuốt rồi thải ra ngoài. Khi cromolyn dùng theo các đường khác thì hấp thu kém hơn nhiều (xịt mũi: dưới 7%; nhỏ mắt: 0,03%; uống: 1%). Cromolyn ngắn thuận nghịch với protein (60 – 70%). Thuốc phân bố ở gan (84% sau 3 ngày), thận (2% sau 24 giờ); nồng độ thuốc ở dịch não tủy và ở nhau thai là không đáng kể. Thể tích phân bố là 0,13lít/kg. Cromolyn không bị chuyển hóa và đào thải dưới dạng nguyên vẹn theo phân (80%), nước tiểu (30 – 50%). Dùng theo mọi đường vẫn có thể thấy có cromolyn trong phân. Nửa đời thải trừ là 80 – 90 phút. Cromolyn chủ yếu được sử dụng để điều trị hen ở trẻ em vì hen ở trẻ em phần lớn thuộc loại thật sự dị ứng (phụ thuộc IgE) và vì vậy, được coi là thuốc thông dụng để phối hợp với các glucocorticoid và các thuốc kích thích beta giao cảm dùng theo đường hít.